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拟合剂量反应曲线,找出绝对IC50

绝对IC50的概念并不标准,许多人认为没有用,通过拟合曲线来确定它并不难。本EPA文件给出了所需的方程(我对其进行了一点概括,因此无需对数据进行标准化)。

五十=(顶部+基线)/2

Y=底部+(顶部-底部)/(1+10^((LogIC50-X)*Hill斜率+log((顶部-底部)/(五十-底部)-1))) 

注意两项参数之间的区别 底部 和 基线。 底部 是曲线自身底部稳定段的Y值。 基线是定义标准药物0%最大抑制的Y值。您肯定会想约束 基线 成为基于质控的常数值。可能还想约束 顶部。

下载Prism文件 这符合方程,形成了上面的图表。将数据拟合到该方程时,不要忘记将基线和顶部限制在由质控确定的适当值。此外,文件包含另一张图表,其中数据已标准化为从0到100%。这些数据符合一个更简单的方程,其中基线设置为零,顶部设置为100。这些与方程均是紧密相连的,因此无需记住将这两项参数限制为常数值。

标准化数据的另一种方法

如果数据是标准化的,这里有另一种方法可使用。

1.确保您的数据标准化到某些质控。这意味着左端的反应(低浓度)接近100%,高浓度的反应高于0%。如果反应稳定在0%,则绝对和相对IC50是相同的,只需拟合通常的剂量反应曲线即可得到IC50。

2.在数据表的底部,添加新的数据行。在每个Y列中输入50,将此行的X留空。

3.使用非线性回归将数据拟合到log(抑制剂)与反应(可变斜率)曲线。

4.在非线性回归对话框的第一个(拟合)选项卡上,选中选项:“从标准曲线内推未知数。”当然,这些数据不是标准曲线,还有未知数。但Y=50时,该选项要求Prism内推曲线的X值。

5.在限制选项卡上,考虑将顶部限制为常数值100。如果进行了良好控制来标准化数据,则您知道曲线稳定段必须是Y=100,因此应告诉Prism使用该限制。

6.作为主要结果表一部分报告的IC50将是相对IC50。

7.Y=50时,查看内推结果的附加结果页面,查看X的值,这是绝对IC50。

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